無意識的に人格と記憶を共有し、もう一人の自分として行動する機械人形《アミクス》が生産活動のほとんどを代行する時代。人間の多くは全てをアミクスに任せ、享楽に耽っていた。そんな社会にあって世良連示はアミクスを使用せず、社会全体に反感を抱きつつも無力感を抱いていた。幼馴染の金村遊香や、アミクスながら妙に人間らしいユウカ、数少ない友人と変わらない日々を過ごしながら。
そんな中、連示の元に何故か女性型のアミクスが配達されてくる。阿頼耶と名乗った彼女は、自分が電子の海で生まれた新たな意識の形《幻影人格》であると告げ、アミクスの人格を乗っ取って人間を襲う《ファントム》から人々を守る手伝いをして欲しいと連示に頼む。破壊行為をなせない阿頼耶に代わり、人格を交換し、彼女の体を使って。